Na het overlijden van Sebastião kwam de man die al eerder een regentschap voerde aan de macht. Kardinaal Henrique werd de zeventiende koning van Portugal. Hij werd geboren in 1512 als vijfde kind van koning Manuel en Maria van Aragon en was de jongste broer van koning João III. Na aartsbisschop van Braga, Évora en Lissabon te zijn geweest, werd hij in 1546 kardinaal. Ook vervulde hij de taak van grootinquisiteur en bevorderde hij de invloed van de Jezuïeten in Portugal, bijvoorbeeld door het oprichten van de Universiteit van Évora. Op het moment van overlijden van Sebastião was Henrique de enige nog levende zoon van Manuel.
Gedurende zijn bestuur stond hij voor twee grote opdrachten: het vinden van een geschikte opvolger die een burgeroorlog zou kunnen voorkomen en het terughalen van de Portugese krijgsgevangen in Marokko. Om te zorgen voor een opvolger vroeg hij allereerst de Paus om dispensatie, zodat hij zou kunnen trouwen. Hij liet zijn oog vallen op de dochter van de Bragança´s. De Paus, al dan niet beïnvloed door de Spaanse koning Filips II die zelf de Portugese troon ambieerde, werkte echter niet mee en er kwam geen huwelijk voor Henrique.
De invloed van Spanje op Portugal nam toe doordat de hulp van Filips II werd geaccepteerd in het vrijkopen van de Portugese krijgsgevangenen in Marokko. Dit was een opdracht die Henrique dus met succes voltooide, hoewel het een lege schatkist, een verarmde adel en een grotere invloed van Filips II ten gevolg had.
Nu Henrique zelf niet kon zorgen voor nageslacht werd er nagedacht over andere opties. Uiteindelijk waren er een vijftal mogelijkheden:
Vanuit de mannelijke lijn van D. Manuel:
1. D. António, prior van Crato. Hij was een kleinzoon van koning Manuel en de zoon van prins D. Luís. Zijn nadeel was dat hij een bastaardzoon was, want D. Luís was nooit getrouwd.
2. Ranuccio, achterkleinzoon van koning Manuel, kleinzoon van D. Duarte en zoon van Maria en Alexandre Farnese (de hertog van Parma). Deze Ranuccio was eigenlijk bij voorbaat al kansloos, omdat zijn vader als gouverneur van Nederland onder direct bestuur van Filips II stond. Deze Filips II zou nooit toestaan dat Ranuccio aanspraak maakte op de troon.
3. Caterina van Bragança, kleindochter van koning Manuel, dochter van D. Duarte.
Vanuit de vrouwelijke lijn van D. Manuel (officieel niet toegestaan):
4. Filips II, koning van Spanje, kleinzoon van Manuel, zoon van Isabel van Portugal en Karel V
5. Manuel Filisberto (Emanuel Filibert), hertog van Savoye, kleinzoon van Manuel en zoon van Beatriz van Portugal en Karel III van Savoye. Hij diende eveneens onder Filips II, dus was in feite ook kansloos. Bovendien overleed hij in 1580.
Henrique zelf had een voorkeur voor Caterina van Bragança, want António, zijn neefje, was een illegitiem kind. De invloed van Filips II op Henrique was echter zeer groot. Henrique liep vast en riep de Cortes bijeen in beraad (1579). Hij wist geen leiding te geven aan de Cortes en blonk uit in besluiteloosheid. Uiteindelijk overleed hij aan tuberculose op 31 januari 1580, zonder dat er een beslissing genomen was. Hij liet een verdeeld Portugal achter waar vijf gouverneurs het land in een gezamenlijk regentschap moesten besturen.
De Portugezen raakten steeds meer verdeeld over de troonsopvolging. Het volk wilde koste wat kost voorkomen dat een Spanjaard aan de macht zou komen en verleende haar steun aan D. António. Catarina van Bragança kreeg veel steun van de adel, maar voelde zelf niet veel voor het risicovolle politieke spel. De bourgeoisie stond niet afkeurend tegenover een vereniging met Spanje, want dat zou ten goede komen aan de handelspositie. Bovendien wist Filips II op zeer slimme wijze zijn aanhang onder de Portugezen uit te breiden door het gebruik van omkoping, bedreiging en cliëntelisme.
Bijkomend voordeel voor Filips II was de interne stabiliteit, rijkdom en kracht van Spanje. Toen in juni 1580 de hertog van Alva (ja, dezelfde waar we in Nederland mee te maken kregen en inmiddels al 73 jaar!) Portugal binnenviel waren er slechts twee maanden nodig om het Portugese legertje wat nog over was te verslaan. Hoewel achtereenvolgens Santarém, Coimbra en Porto António tot rechtmatige koning uitriepen was er geen geld of mankracht om het Spaanse leger weerstand te bieden. António werd verdreven en Filips II nam het bestuur over van Portugal. Hij beloofde wel een duaal koningschap, dus Portugal zou niet officieel geannexeerd worden door Spanje. António probeerde vanuit de Azoren en later vanuit Frankrijk verzet te bieden, maar het was tevergeefs. Toen hij in 1595 overleed was Filips II officieel de vorst van Portugal.
Hiermee kwam een einde aan de tweede dynastie van Portugese koningen. Henrique was de laatste koning van het huis van Avis. Zijn bijnaam O Casto, de Kuise, dankte hij aan zijn religieuze achtergrond en de dramatische gevolgen die dit had voor de opvolging. Hoewel Sebastião met zijn absurde campagne in Marokko het land in grote armoede had gestort, genoot hij een ongekende populariteit. Henrique die werd opgescheept met de gevolgen werd verafschuwd. Hij werd verantwoordelijk gehouden voor de Spaanse overheersing, omdat hij geen steun had verleend aan D. António. Henrique ligt naast Sebastião begraven in het Mosteiro de Jerónimos.
Lees ook:Portugese koningen deel XIX: O Pio
Lees ook:Portugese Koningen deel XX: O Grande
Lees ook:Portugese koningen deel XXI: O Restaurador
Lees ook:Portugese koningen deel XVI: O Desejado
Lees ook:Crypte uit zeventiende eeuw onder parlement gevonden