Toen in 1598 de Spaanse Filips II overleed volgde zijn twintig jarige zoon Filips III (14/04/1578-31/03/1621) hem op. Waar de Portugezen tot die tijd relatief tevreden waren met de Iberische eenheid, begonnen de eerste protesten zich af te tekenen tijdens het bestuur van deze Filips II van Portugal (dus Filips III van Spanje).
De Spaanse koning Filips III staat niet bekend als een bekwaam koning. Hij was nauwelijks geïnteresseerd in de gang van zaken in zijn enorme rijk en liet het regeren over aan de Hertog van Lerma. Zelf hield hij zich liever bezig met de kunsten en de jacht. Filips’ regeerperiode zette dan ook het verval van het Spaanse rijk in.
In tegenstelling tot wat zijn vader had bepaald in de Cortes van Tomar, stuurde Filips III Spaanse bewindvoerders naar Portugal. Hij wilde hiermee een centraler Iberisch bestuur vormen. De Conselho de Portugal werd opgeheven en het bestuur van Portugal werd in handen gelegd van een onderkoning, namelijk de Spanjegezinde Cristóvão de Moura. Dit leidde tot grote ergernis bij de Portugezen, die vooral de maatregel tot belastingverhoging niet konden waarderen.
Toen Cristóvão de Moura uiteindelijk werd vervangen door een Spanjaard, de Hertog van Alenquer, was het ongenoegen van de Portugese bevolking compleet. De onrust nam dermate toe dat Filips III in 1619 besloot een bezoek te brengen aan Lissabon. De ontvangst was meer dan hartelijk- er werd een fortuin aan uitgegeven - en het enthousiasme was groot. De Portugezen vertelden hem zijn ongenoegens, in de hoop dat er iets veranderen zou, maar Filips ondernam niets. Na een aantal maanden verliet hij een Portugal dat meer dan ooit ontevreden was met het Spaanse bestuur.
Bij het verlaten van Portugal werd Filips ernstig ziek en hij overleed iets meer dan een jaar later. Met zijn echtgenote Margaretha van Oostenrijk had hij acht kinderen gekregen, waarvan de oudste zoon, Filips IV, hem opvolgde. Hij kreeg in Portugal de bijnaam “O Pio“of “O Piedoso“, oftewel “De Vrome”.
Lees ook:Portugese koningen deel XVIII: O Prudente
Lees ook:Portugese koningen deel XVII: O Casto
Lees ook:Portugese Koningen deel XX: O Grande
Lees ook:Crypte uit zeventiende eeuw onder parlement gevonden
Lees ook:Portugese koningen deel XII: O Africano